劳动争议在仲裁阶段适用仲裁时效，在诉讼阶段适用普通民事诉讼时效。 《劳动争议调解仲裁法》第27条规定： “劳动争议申请仲裁的时效期间为一年”，《民法通则》第135条规定： “向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外”。二者表面上似乎只是时间长短的差异，其背后却隐藏着很大的制度冲突和张力。
时效，是指一定的事实状态经过法定期间，从而产生特定法律后果的事件性法律事实。时效涉及公益，属于强行性规定，不得约定延长或缩短；也不得预先放弃时效利益，但可以在时效届满后以明示或默示的方法抛弃时效利益。时效一般有取得时效与消灭时效之分。消灭时效是指请求权持续不行使经过法定期间导致一定法律后果的事件性法律事实。消灭时效具有双重性质：一是实体属性，涉及时效利益，即法律实际保护的权利期限，可称为保护时效，主要有胜诉权消灭说 （时效经过后权利人的胜诉权消灭）和抗辩权发生说 （时效经过后义务人抗辩权发生，权利人仍然具有起诉权，而且如果义务人不行使抗辩权、权利人在原则上具有胜诉权和法律性实体权利；义务人行使了抗辩权，权利人就丧失胜诉权，但仍具有自然性民事实体权利）等类型；二是程序属性，涉及审判机构或仲裁机构在程序上是否受理、是否可以主动查明或援引、举证责任分配等程序性问题，可称为程序时效，主要有职权主动说 （包括时效经过后法院或仲裁机构依职权不予受理的起诉权消灭说和受理后依职权主动审查 “判决驳回请求”的职权查明说）与被动中立说 （法院或仲裁机构不得依职权释明或主动援引时效，而是被动地听取双方的质证抗辩、居中裁判）等类型；两种属性，以实体意义为主。
由于消灭时效的双重属性，法律上的消灭时效制度主要起到三方面作用：一是维护社会秩序稳定等公共利益。时效通过防止 “复旧”而建立新的法律秩序 （原权利在法律意义上消灭），从而维护了继续存在的旧的事实秩序 （长期未行使请求权的事实状态）。二是督促权利人及时行使权利， “法律保护勤勉者，不保护懒惰者”，从社会秩序和稳定出发长期不行使的权利不再值得胜诉保护，以公益的名义牺牲原权利人的私益，由此来督促权利人尽快行使权利、维护效率和稳定。三是避免义务人举证困难。因为时间久远，义务人举出对自己有利的免责事由极其困难，且一些用人单位专属举证责任的证据材料也会因超过法定保存时间而销毁，由此而使其承担不利后果殊为不公。时效就是要使义务人免除这些举证责任、避免举证困难的烦恼。
仲裁时效和诉讼时效都属于消灭时效。消灭时效一般都在实体法里规定，也有个别在程序法中规定。劳动争议仲裁时效尽管规定在调解仲裁法这部程序法里，也具有消灭时效的双重属性。在程序意义上，从 《劳动争议调解仲裁法》第30条第4款的规定 “劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出”以及 《劳动人事争议仲裁办案规则》第30条第3项规定的受理条件 “在申请仲裁的法定时效期间内”可以看出，立法者采取了超时效不受理的起诉权消灭说，程序意义上的仲裁时效成了受理时效。在实体意义上，起诉权的消灭意味着胜诉权的消灭，时效利益直接丧失。实体上的胜诉权消灭说与程序上的起诉权消灭说一起构筑了劳动争议仲裁时效的诉权消灭性。
民事诉讼时效则规定在《民法通则》这一实体法中，也具有消灭时效的双重性，但与仲裁时效的双重性迥异。在实体意义上，从《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第1条 “当事人可以对债权请求权提出诉讼时效抗辩”可以看出，民事诉讼时效采取抗辩权发生说；在程序意义上，从《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第3条规定的“当事人未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判”可以认定，民事诉讼时效采取被动中立说。
由上可见，劳动争议仲裁时效与民事诉讼时效存在很大冲突。一是实体意义上，劳动争议仲裁时效义务人直接被动取得时效利益，民事诉讼时效义务人要间接主动取得时效利益。二是程序意义上，若超过时效仲裁机构依职权不予受理，法院必须受理且不得主动援引时效抗辩。三是普通时效期间上，劳动争议仲裁时效为1年，民事诉讼时效为两年，在程序上造成超过1年未满两年时效的劳动争议仲裁机构不受理、法院必须受理，在实体上造成仲裁机构保护1年的权益，法院保护两年的权益。四是特殊时效期间上， 《劳动争议调解仲裁法》有关拖欠劳动报酬争议特殊时效期间的规定，民事诉讼时效则没有这一特殊时效规定，导致拖欠报酬劳动争议在仲裁机构可以无限期保护、在法院则只保护两年。
上述劳动争议仲裁时效与诉讼时效的种种矛盾和冲突，从根本上是由于时效制度不仅仅是程序法上的单纯期间，而是涉及时效利益的实体性问题。在民事诉讼时效的性质上，立法者语焉不详，司法者则经历了从胜诉权消灭说和职权查明说到抗辩权发生说和被动中立说的探索与转变；在民商事仲裁时效上，立法者规定仲裁时效与诉讼时效同一；但是，在劳动争议仲裁时效的性质上，立法者却直接规定了仲裁时效的胜诉权消灭说和起诉权消灭说，在一裁两审的框架下直接造成了仲裁时效与诉讼时效的矛盾和冲突。
劳动争议仲裁时效与普通民事诉讼时效并非 “一般与特殊”的关系，所以不能以 “特殊优于一般”的法律适用规则来要求法院在诉讼裁判中直接适用仲裁的时效制度。解决两者之间的冲突、实现两者的衔接一致，从根本的制度设计上应该与民商事仲裁时效的规定一样，确立劳动争议仲裁时效与民事诉讼时效的完全同一。在现行法律框架下的权宜操作上，仲裁机构的普通受理时效 （程序时效）1年、保护时效两年，劳动关系存续期间的拖欠劳动报酬争议则不受受理时效和保护时效限制，劳动关系终止的拖欠劳动报酬争议受理时效1年、保护时效则不受限制；法院对于一切劳动争议都应受理、不审查具体时效性，若义务人提出时效抗辩则只保护两年，若义务人不提出时效抗辩则不受两年保护时效限制，且劳动关系存续期间的拖欠劳动报酬争议的义务人不得援引时效抗辩、劳动关系终止的拖欠劳动报酬争议可以援引1年时效抗辩。（杨广）
